광산촌 슬랙 계곡에서 기계 견습공으로 밝게 살고 있던 고아 소년 파즈는 어느날 빛이 나는 목걸이를 한 채 하늘에서 떨어지는 한 소녀(시타)를 구해준다. 소녀는 집안 대대로 전해져 오던 목걸이(비행석)로 인해 정부의 군대(무스카 일행)와 해적(도라 일당)들에게 쫓기고 있던 신세. 시타가 이들로부터 무사히 도망갈 수 있게 도와주던 중 파즈는 비행석과 하늘에 떠 있는 성 "라퓨타"가 실제로 존재한다는 사실을 알게 된다. 돌아가신 아버지의 영향으로 라퓨타의 존재를 믿고 있던 파즈는 시타와 함께 라퓨타를 찾기로 결심한다. 하지만 파즈와 시타는 그들을 쫓던 군대에게 잡히고, 시타는 정부 비밀 조사관인 무스카에게 파즈를 풀어주는 조건으로 협력을 약속한다. 군대에서 풀려난 파즈는 시타를 구하기 위해 도라 일당에 들어가고, 그들과 함께 시타를 구해온다. 그러나 시타로 인해 봉인이 풀려 라퓨타의 위치를 가리키게 된 목걸이(비행석)는 무스카에게 빼앗기고 만다

군대와 무스카는 거대한 비행선 골리앗을 타고 라퓨타를 찾아 나서고, 그 뒤를 쫓아 파즈와 시타도 도라 일당과 함께 라퓨타를 찾아 나선다. 갑자기 닥친 악천후와 골리앗의 공격으로 도라 일당과 헤어진 파즈와 시타는 우연히 라퓨타에 도착, 라퓨타의 아름다운 정원에 감탄한다. 그러나 그것도 잠시... 도라 일당을 생포한 군대와 무스카 일행도 라퓨타에 도착했다는 사실을 알게 된다. 라퓨타에 도착한 군대는 온갖 파괴행위와 보물을 모으는 데만 급급해 하고, 그 틈을 이용해 무스카는 시타를 잡아 라퓨타 내부로 사라진다. 파즈는 잡혀 있던 도라 일당을 구해주고, 시타를 구하기 위해 무스카를 뒤쫓는다. 시타와 함께 라퓨타 내부의 거대한 비행석이 있는 중추에 다다른 무스카는 시타에게 자신 또한 라퓨타 왕가의 일족이였음을 밝힌다. 그 옛날 지상으로 내려 온 라퓨타 왕가는 시타와 무스카의 일족, 이렇게 두 갈래로 나눠졌던 것. 무스카는 과거 라퓨타의 힘을 부활시킴으로 세계를 지배하고자 한다. 무스카의 수중에 넘어간 라퓨타로 인해 끔찍한 살상이 자행되자 시타는 파즈와 함께 할머니로부터 배운 파멸의 주문을 외운다.

* CHARACTER *

- 시타 Sheeta
<천공의 성 라퓨타>의 모든 열쇠를 지니고 있는 13세의 신비한 소녀.
본명은 류시타 토엘 우르 라퓨타(Lusheeta Toelle Ul Laputa)이다. 우르(Ul)는 ‘왕’, 토엘(Toelle)은 ‘진실’을 뜻하며 이는 곧 '정통 왕위 계승자 류시타 왕녀'란 뜻이 된다. 아름다운 곤도아 계곡에서 태어나 어린 시절 부모님을 여의고 할머니의 품에서 가족 대대로 내려오는 전설을 들으며 자랐다. 할머니가 돌아가신 후 혼자 곤도아 계곡에서 소와 양을 기르며 지내던 중 정부 비밀 조사관 무스카 일행에게 납치된다. 이 와중에 파즈와 만나게 되며, 라퓨타와 가문 대대로 여자에게만 전해지던 목걸이(비행석)에 대한 비밀을 알게 된다.

- 파즈 Pazu
광산에서 견습기계공으로 일하는 밝고 명랑한 13세 소년. 시타와 마찬가지로 일찍 양친을 여의고 마을이 내려다보이는 오두막집에서 혼자 생활한다. 아버지의 영향으로 라퓨타의 존재를 믿고 있으며 언젠가 자신이 만든 비행기로 라퓨타를 찾겠다는 꿈을 가지고 있다. 어느날 비행석(목걸이)의 도움으로 하늘에서 내려 온 시타를 만나 정부 비밀 조사단과 군대, 해적에게 쫓기는 그녀를 도와준다.

- 무스카 Mooska
정부 비밀 조사단의 우두머리. 라퓨타와 보물을 찾기 위해 정부에서 파견한 인물이다.
본명은 로무스카 파로 우르 라퓨타(Romooska Paro Ul Laputa). 지상으로 내려와 갈라진 라퓨타 왕족의 또 다른 후예이다. 라퓨타를 이용하여 세계를 지배하려는 검은 야심을 지니고 그 야망을 이루기 위해 자신의 상관과 부하들을 사지로 몰아 넣는 잔인한 인물이다.

- 도라 Dola
공중 해적의 여자 보스이자 여걸. 자식 3명을 모두 부하로 거느리고 해적선 타이거 모스호를 지휘한다. 처음엔 시타의 목걸이(비행석)를 노리지만, 천공의 성 라퓨타의 보물을 찾기 위해 파즈와 연합전선을 구축한다. 미야자키 하야오 감독은 '도라'라는 캐릭터가 자신의 어머니의 성격과 유사하다고 말한바 있다.

- 공중 해적, 도라 일당
보스 도라와 도라의 아들 3명(샤루루, 루이, 안리) 그리고 6명(카, 키, 쿠, 케, 코 그리고 기관사 모트로)으로 구성되어 있다. 해적답지 않게 착한 면을 지니고 있다. 특히, 도라의 아들 3명은 마마보이. 시타를 마음속으로 짝사랑하며 그녀에게 도움이 되고자 무던히 노력하는 인물들이다.

- 무오로 장군 General Muoro
라퓨타를 찾기 위해 정부로부터 파견된 군장성으로 부패한 장군의 표상과 같은 인물이다. 스스로는 무스카를 이용하고 있다고 생각하지만 반대로 이용만 당한다. 비참한 최후를 맞이 하는 인물이다.

- 더피 아저씨 Mr. Duffi
광산의 견습 기계공인 파즈의 보스이자 비공식 후견인. 마을 공동체에서 우두머리 격으로 해적(도라 일당)으로부터 쫓기는 시타가 도망칠 수 있도록 파즈와 함께 돕는다.

- 파즈의 아버지 Pazu's Father
비행 도중 폭풍 속에서 라퓨타를 발견하지만 아무도 그의 말을 믿지 않는다. 하지만 그의 아틀 파즈는 아버지의 말이 사실이라 믿고, 이를 증명하기 위해 노력한다.

- 시타의 할머니 Sheeta's Greandmother
어려서 부모를 여읜 시타를 맡아 키우면서 가문 대대로 내려오는 주문을 시타에게 알려준다.

- 폼삼촌 Uncle Pom
광산을 자신의 집처럼 사랑하며 광산촌 모든 갱도와 바위에 대해 잘 알고 있는 경험 많은 백전노장. 시타와 파즈가 광산촌 터널에 빠졌을 때 그들을 돕는다.