최정예 특공대원 카메론 포우(니콜라스 케이지 분)는 제대하던 날 아내와 귀가하다가, 자신의 아내를 노리는 폭력배로부터 위협을 받는다. 불행하게도 카메론은 그들 중 한 명을 죽이게 된다. 사랑하는 아내와 아내의 뱃속에서 자라고 있는 딸을 지키기 위해서였다. 그로부터 8년 뒤, 모범수로 가석방된 카메론은 결코 타지 말았어야 할 죄수 수송기에 몸을 싣는다. 이 수송기는, 미국 전역의 형무소에 격리수용된 악명높은 죄수들만 따로 통합 수용하기 위하여 세워진 새 형무소로 흉악범들을 이송하는 임무를 띤 '콘 에어' 수송기였다. 모범수인 카메론은 그 형무소까지 가지 않고 중간 기착지에서 내리도록 되어 있다. 콘 에어가 이륙하는 순간 카메론은 예상하지 못한 위기를 직감한다. 8명의 죄수들이 콘 에어를 공중납치해버린 것이다. 죄수들의 행동 대장은 '바이러스'란 별명을 가진 사이러스 그리섬(존 말코비치 분)이다. 카메론은 사태의 심각성과 신변의 위험을 깨닫지만 기내에 동승한 연방 보안 요원과 간수들이 속속 당하는 것을 보고만 있어야 할 만큼 속수무책이다. 연방 보안관이자 진압 대장인 빈스 라킨(존 쿠상 분)과 FBI요원 그리고 특전반은 콘 에어가 착륙할 사막의 중간 기착지에 매복한 뒤 기습소탕작전을 준비하고 있다. 수송기에 탑승할 중간 기착지의 죄수들이 대기하고 있는 가운데 콘 에어가 서서히 착륙한다. 그러나 내리기로 되어 있던 카메론은 보이지 않는다. 감옥의 동료 죄수 한 명이 당뇨로 사경을 헤매고 있는 기내 보안요원 중 한명인 여성 보안 요원이 흉악범 일당들로부터 호시탐탐 집단성폭행당할 위기에 놓여있기 때문이다. 8년을 손꼽아 기다려온, 사랑하는 아내와 여덟 살 난 딸과의 상봉의 순간이 눈앞에 아른거리지만 카메론은 활주로에 발을 딛는 순간 다시 콘 에어에 올라탄다. 콘 에어가 이륙하자 라킨의 상관은 기내의 보안요원이 전부 살해된 것으로 판단하고 콘 에어 수송기를 공중 폭파시키라는 명령을 내린다. 카메론 포우를 포함하여 무고한 사람의 생명을 존중해야 한다고 주장하는 라킨의 호소는 묵살되어 버린다. 헬리콥터가 뜨고 특공대가 출동한다. 그러나 이들은 무장한 죄수들의 저항을 받아 무참히 사살된다. 그러나 교전중에 발생한 엔진 고장으로 콘 에어는 라스베가스의 도심과 카지노를 관통하며 추락해 화염 속에 폭발하고 죄수들은 일제히 탈출을 기도한다. 이때부터 카메론과 라킨 그리고 특전반의 숨가쁜 함동 추격전이 펼쳐지고 라스베가스의 도심은 일대 혼란에 휩싸인다. 그러나 카메론의 용맹과 라킨이 치밀한 협공으로 사이러스 그리섬을 포함한 죄수들은 일망타진된다. 카메론과 아내의 뜨거운 포옹, 그리고 복역 중에 태어난 딸과의 포옹이 대미를 장식한다. 카메론의 손엔 딸의 생일 선물로 준비한 토끼 인형이 꼬옥 쥐어져 있다.