태평양 해저 깊숙한 곳에서 외계에서 온 것처럼 보이는 우주선이 발견되자 정부는 각 분야전문가들로 구성된 팀을 만들게 된다. 정부로부터 급하게 호출을 받고 달려온 심리학 박사인 노먼 굿먼(Dr. Norman Goodman: 더스틴 호프먼 분)은 팀에서 자신의 과거 연인이었던 생화학자 베스 헬퍼린(Beth Halperin: 샤론 스톤 분), 수학자인 해리 애덤스(Harry Adams: 사무엘 잭슨 분), 천제 물리학자인 테드(Ted Fielding: 리브 쉬라이버 분)를 만난다. 탐사팀은 미항공 우주국 소속의 비밀요원 반즈(Barnes: 피터 코요테 분)의 지휘 아래 산호초에 덮혀 있는 미확인 우주선의 정체를 파악하기위해 해저 300미터에 있는 우주선 가까이 세워진 해군 기지에 머무른다. 그러나 첨단 내부 시설을 갖추고 있는 우주선은 외계가 아닌, 미래 지구로부터 온 것임을 알게 되고 또한, 우주선 내에서 정체를 알 수 없는 커다란 둥근 물체, 즉 금색 빛을 발하는 스피어를 보게 된다. 그러나 스피어 발견 이후에 탐사팀은 수면에 있는 해군 본부와 연락이 끊긴 채 해저에 고립되고, 의문의 생물체들이 나타나 탐사원들의 생명을 위협하는 등 의문의 사건들이 발생한다. 마침내 이 모든게 스피어가 인간의 잠재 의식 속에 존재하는 공포심과 두려움을 읽고 그것을 현실로 나타나게한 것임을 알게 된다. 이제 남은 사람들은 누구의 공포가 현실로 나타나는지 서로를 의심하며 감시하게 되고, 남은 3명의 생존자들은 스피어의 영향을 벗어나기 위해 필사의 탈출을 시도한다.